SiGN-BN 遺伝子ネットワーク解析講習会 (実習編)

日程: 2022 年 11 月 18 日 (金)

• 講義時間: 15 時 10 分 ～ 16 時 40 分
• 会場: Webex によるオンライン開催
• 定員: 100 名 
• 参加費: 無料
• 本講習会は日本語で実施します
• SHIROKANE のアカウントがない方は、実習の際はご覧いただくのみになります

講習題目

SiGN-BN 遺伝子ネットワーク解析講習会 (実習編) 

講師

弘前大学 健康未来イノベーションセンター 玉田 嘉紀 教授

SiGN-BN はベイジアンネットワークとノンパラメトリック回帰を組み合わせた遺伝子ネットワーク推定ソフトウェアです。マイクロアレイや RNA-Seq などの遺伝子発現データから遺伝子間の発現の依存関係を表す遺伝子ネットワークを推定します。ベイジアンネットワークを用いた遺伝子ネットワーク推定は計算が膨大なため、スーパーコンピュータによる計算が必要になります。

本講習会では理論的な仕組みの紹介からスタートし、遺伝子ネットワークの大きさに応じた三つのネットワーク構造推定アルゴリズムを説明します。そして入力データの形式や SHIROKANE での実行方法、出力ファイル、推定された遺伝子ネットワークの解析法を、サンプルデータを用いた実習形式で解説します。

また小規模のサンプルデータのほか、実際に論文で行った解析を再現するデモンストレーションを予定しています。遺伝子ネットワーク解析の一つの方法として、これまでよりさらに実践的な内容になりますので、受講者の研究業務の参考にしていただければと考えています。

SHIROKANE の計算ジョブの準備やその実行、および結果の解析には Linux のコマンドラインを用いた操作が必要です。そのため、基本的な Linux コマンド (mkdir, cp, vi 等) の知識がある方を前提とさせていただきます。

Linux の基本的な操作に不安のある方は、HGC 講習会「SHIROKANE Tutorial」のテキストをご一読されることをお勧めします。

HGC 講習会資料 https://gc.hgc.jp/util-info/seminar-materials/

(閲覧には SHIROKANE のアカウントでのログインが必要です)

※実習編に参加される方は、ご利用のパソコンにあらかじめ以下のソフトウェアのインストールをお願いいたします。

Windows Terminal, Tera Term や PuTTY 等の SSH クライアント (Mac と Linux は不要)

 * http://sourceforge.jp/projects/ttssh2/

 * https://www.ranvis.com/putty.ja

SCP クライアント (WinSCP など)

 * https://ja.osdn.net/projects/winscp/wiki/FrontPage

ネットワーク可視化プラットフォーム Cytoscape 3.9.1

 * http://www.cytoscape.org/

統計分析ソフト R 3.5.0 以上

 * https://cran.r-project.org/

申込み方法  11 月 17 日 (木) 17:00 までに下記フォームから申し込みください。登録いただいたメールアドレスに Webex の URL をご連絡します。システム上、チケットの販売といった表記となりますが無償の講習会です。

講習会開催中のご質問は、Webex のチャットで受付いたします。