SHIROKANE の一部の計算ノードにて GPU による高速な全ゲノム一次解析が可能な NVIDIA Parabricks パイプラインが利用できるようになりました。 Tesla V100 を搭載している計算ノードをご利用になれる利用者は、 Parabricks についての追加の課金なしに Parabricks をご利用になれます。
Parabricks の SHIROKANE での利用事例では、従来の 5 倍の解析速度を得ました。詳しくは次のプレスリリースをご覧ください。
プレスリリース: Shirokane5 によるゲノムシークエンスデータ解析高速化の実現
Parabricks は GPU 計算ノードのうち Tesla V100 を搭載しているノードにて実行するため、ご利用コースに GPU V100 がある場合に使用できます。 GPU V100 は、オプション追加により増やすことができます。 SHIROKANE の Parabricks は GPU V100 が 8 の時に最高性能になります。
Parabricks は GPU 計算ノードのうち Tesla V100 を搭載しているノードにて 1 年間の提供を予定しています
利用手順は、利用者向けスパコン Wiki をご覧ください。
利用者向けスパコン Wiki: Parabricks パイプラインの使い方
The Parabricks pipeline is now available at SHIROKANE
The NVIDIA Parabricks pipeline is now available to some of SHIROKANE's compute nodes for fast GPU-based primary whole genome analysis. Users with a compute node running Tesla V100 can use Parabricks at no additional charge for Parabricks.
Parabricks' use case with SHIROKANE resulted in a 5X improvement in analysis speed. For more information, please see the following press release.
Parabricks runs on GPU compute nodes with Tesla V100, so if your course has a GPU V100, you can use it. The number of GPUs can be increased with additional options. SHIROKANE's Parabricks are at their best when the GPU V100 has 8 units.
Parabricks plans to offer it for one year on GPU compute nodes that are equipped with Tesla V100.
Please refer to the Supercomputer Wiki for users for the usage procedure.
Supercomputer for Users Wiki: How to use the Parabricks pipeline
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